印制要求不同：
根据新的《税收征管法》第二十二条规定："增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
发票使用人不同：
增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开：普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
作用不同：
增值税专用发票可以抵扣进项税，增值税普通发票不可以抵扣进项税。
增值税专用发票是使用一般计税办法的增值税一般纳税人取得进项税额的合法有效抵扣凭证，可以通过发票认证、发票平台查询确认等方式进行进项税额抵扣。增值税专用发票认证是指通过增值税发票税控系统对增值税发票所包含的数据进行识别、确认。一般情况下，采用一般计税方法的增值税一般纳税人取得增值税专用发票以后，需在180日内进行认证，并在认证通过的次月按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额。
类别不同：
纳税人常用的增值税发票包括：增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票、机动车销售统一发票、货物运输业增值税专用发票（只能用到2016年6月30日）等。
增值税普通发票，含增值税普通发票、机动车销售统一发票、增值税电子普通发票、门票、过路（过桥）费发票、定额发票、客运发票和二手车销售统一发票。
